Во первых я хотел бы выразить свой респект по поводу объёма проделанной работы. Количество опций в некоторых модулях просто поражает.

Но я бы структурировал всё по другому. Возьмём для примера модуль MEncoder x264, справа находятся кнопки которые вызывают окна настроек и кнопки сохранения/сброса/отмены настроек, справка... Я бы расположил все настройки на вкладках (можно сделать их вертикальными как сейчас кнопки), а внизу окна были бы кнопки стандартные для диалоговых окон (сохранить/отмена/сброс).
При таком обилии настроек можно использовать виджет прокрутки (ScrollArea) и расположить опции в одну колонку (сейчас две).
В главном окне когда я дважды щёлкаю по имени модуля в списке ничего не происходит, хотя интуитивно я ожидал открытия настроек выбранного модуля. Так же нет контекстного меню в списке модулей (это может быть просто копия доступных опции на панели кнопок справа).

В общем база у программы разработано очень хорошая и если доделать интерфейс в плане удобства/понятности/интуитивности - то получится мощнейший инструмент для перекодировки.