Попробуй пошагово провести сборку и посмотри на чем падает.
Hint: make не просит прав root, но make install просит

все делается из-под рута
в том то и дело что ни на чем не падает

Я вообще всегда руками в /boot скидываю.

в груб добавляет все без проблем...

у меня тож после сборке ядра, приходиось руками добавлять новую запись вручную, хотя все шаги выполнялись без ошибок

Добавляй руками и не мучайся - на самом деле все зависит от настроек. В каждом дистре любая утилита, та же make, собирается по-разному, соответственно и работает по-разному.