Если по хорошему, то берёшь исходники PHP накладываешь на них нужные патчи, сохраняешь опять в архив в distfiles, но под другим именем. После редактируешь ebuild для PHP и сохраняешь также под другим именем. Генерируешь новые контрольные суммы для твоего ebuild'a и устанавливаешь новый ebuild. Тогда Gentoo будет знать о твоём новом "пакете"...

Можно не по хорошему :) установить PHP после взять его исходники и наложить патчи, опять установить но уже через: ./configure && make && make install

Ну, что пробовал?